#直方图#####
data<-dataframe1234
da1<-data[,-1]
da2<-da1[,1]
da3<-da1[,2]
da4<-da1[,3]
D<-c(da2,da3,da4)
hist(D)
#火山图#####
load("C:/Users/29228/Desktop/2024春学期各项汇报/R语言与生物信息学/volcano.RData")
ls()
print(prostat)
head(prostat)  
# 筛选上调和下调蛋白  
up_regulated <- prostat[prostat$P < 0.05 & prostat$FC > log2(1.2), ]  
down_regulated <- prostat[prostat$P < 0.05 & prostat$FC < -log2(1.2), ] 
# 绘制火山图  
plot(prostat$FC, -log10(prostat$P),   
     xlab="log2(Fold Change)", ylab="-log10(P-value)",   
     main="prostat", pch=20, cex=0.8,col="grey")
# 为上调蛋白添加红色点  
points(up_regulated$FC, -log10(up_regulated$P), col="red", pch=20) 
# 为下调蛋白添加蓝色点  
points(down_regulated$FC, -log10(down_regulated$P), col="green", pch=20) 
# 添加显著性阈值线  
abline(h=-log10(0.05), col="grey", lty=2)  
abline(v=c(log2(1.2), -log2(1.2)), col="grey", lty=2)  
# 添加图例  
legend("topright", legend=c("Up-regulated", "Down-regulated"),   
       pch=20, col=c("red", "green"), bty="n", cex=0.8)  
# 保存为 JPG 文件  
dev.off() # 关闭当前的图形设备（如果有的话）  
dev.new(file="volcano_plot.jpg") # 创建一个新的图形设备并保存为 JPG 文件  


#聚类分析#####
distance=dist(dataframe1234)
windows()
hcdata=hclust(distance,method="average")
plot(hcdata)

